Michal Voráček, Algorithms on Generalized Strings (absolvoval v březnu 2011)
Diplomanti
Jan Baier
MIchal Valach, Efektivní implementace kompresního algoritmu ACB pro knihovnu ExCom (absolvoval v červnu 2011)
Martin Kopta, Efektivní indexování DNA (absolvoval v červnu 2011)
Jan Skalický, Aplikace kompresní metody DCA (absolvoval v červnu 2010)
Jakub Řezníček, Korpus pro porovnání kompresních algoritmů a rozšíření knihovny ExCom (absolvoval v červnu 2010, získal Cenu děkana za vynikající diplomovou práci)
Filip Šimek, Knihovna kompresních algoritmů v C++ (absolvoval v červnu 2009, získal Cenu děkana za vynikající diplomovou práci)
Jakub Jaroš, Slovní slovníkové metody komprese dat (absolvoval v červnu 2008)
Martin Kočica, Porovnání bezeztrátových kompresních algoritmů (absolvoval v červnu 2008)
Petr Procházka, Slovní statistické metody komprese dat (absolvoval v červnu 2008, získal Cenu děkana za vynikající diplomovou práci)
Tomáš Lakatos, FM-Index Implementation (absolvoval v únoru 2008)
Stanislav Štekr, Simulation of Finite Automata on Parallel Computers (absolvoval v únoru 2008)
Petr Abraham, Library for Indexing Structures (absolvoval v červnu 2007)
Martin Fiala, Implementation of DCA Compression Method (absolvoval v červnu 2007, získal Cenu děkana za vynikající diplomovou práci, umístil se na 4.-5. místě v soutěži IT diplomka roku fy Profinit)
Pavel Vedra, Nástroj pro manipulaci s konečnými automaty (absolvoval v červnu 2007)
Tomáš Kadlec, Deterministic State Cache (absolvoval v únoru 2007)
Tomáš Mlčoch, Evolutive Pattern Retrieval using Suffix Automaton (absolvoval v únoru 2007)
Milan Kynzl, NFA Simulation with Fail Function (absolvoval v červnu 2006)
Zuzana Škodová, Modifikující se vzorek při vyhledávání v textu (absolvovala v únoru 2006, získala Cenu děkana za vynikající diplomovou práci)
Petr Špiller, Selection of Optimum Simulation Method (absolvoval v únoru 2004)
Bakalanti
Jan Opravil, Editor frazeologického slovníku (absolvoval v září 2008)
Soutěž studentů vysokých škol ve vědecké odborné činnosti v matematice a informatice SVOČ 2010 - předseda odborné poroty sekce S8 Aplikovaná informatika
kurzy Data Compression v rámci programu ATHENS (Advanced Technology Higher Education Network, Socrates) - garant kurzu
kurzy Text Searching Algorithms v rámci programu ATHENS (Advanced Technology Higher Education Network, Socrates) - přednášející kurzu
Holub, J., Řezníček, J., Šimek, F.: Lossless Data Compression Testbed: ExCom and Prague Corpus. In J. A. Storer, M. W. Marcellin (eds.): Proceedings of Data Compression Conference 2011, IEEE Computer Society Press, p. 457, 2011.
Procházka, P., Holub, J.: Block-oriented Dense Compressor. In J. A. Storer, M. W. Marcellin (eds.): Proceedings of Data Compression Conference 2011, IEEE Computer Society Press, p. 472, 2011.
Procházka, P., Holub, J.: Natural Language Compression per Blocks.The First International Conference on Data Compression, Communications and Processing, CCP 2011, Palinuro, Italy, IEEE 2011, ISBN 978-1-4577-1458-0, pp. 67-75.
Holub J., Štekr S.: On Parallel Implementation of Deterministic Finite Automata. In S. Maneth (ed.): Proceedings of the 14th International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA2009), University of New South Wales, Sydney, Australia, LNCS5642, Springer-Verlag, pp. 54-64, 2009.
Fiala, M., Holub, J.: DCA using Suffix Arrays. In J. A. Storer,
M. W. Marcellin (eds.): Proceedings of Data Compression Conference 2008, IEEE Computer Society Press, p. 516, 2008.
2007
Holub, J., Smyth, W. F., Wang, S.: Hybrid Pattern-Matching Algorithms on Indeterminate Strings. In Daykin, J., Mohamed, M., Steinhoefel, K. (eds.): London Stringology Day + London Algorithmic Workshop 2006, King's College London Series Texts in Algorithmics, pp. 115-133, 2007.
Holub, J., Žďárek, J. (editors): Pre-proceedings of CIAA 2007. Czech Technical University in Prague, Prague, July 16-18, 2007, 284 pages, ISBN 978-80-01-03764-5, 2007.
Antoniou, P., Holub, J., Iliopoulos, C.S., Melichar, B., Peterlongo, P.: Finding Common Motifs with Gaps using Finite Automata. In O. H. Ibarra, Hsu-Chun Yen (eds.): Proceedings of the 11th International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA2006), National Taiwan University, Taipei, Taiwan, LNCS4094, Springer-Verlag, pp. 69-77, 2006.
Holub, J., Smyth, W. F., Wang, S.: Fast Pattern-Matching on Indeterminate Strings. In J. Ryan, P. Manyem, K. Sugeng, M. Miller (eds.): Proceedings of the 16th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms AWOCA'05, University of Ballarat, Victoria, Australia, pp. 415-428, 2005.
Franěk, F., Holub, J., Rosa, A.: Two factorizations of small complete graphs II: The case of 13 vertices. Journal of Combinatorial Mathematics and Combinatorial Computing, Vol. 51, 2004, pp. 89-94.
Holub, J., Špiller, P.: Practical Experiments with NFA Simulation. In L. Cleophas, B. W. Watson (eds): Proceedings of the Eindhoven FASTAR Days 2004, invited talk, Technical University of Eindhoven, 2004, pp. 73-95.
Holub, J., Smyth, W. F.: Algorithms on Indeterminate Strings. In Miller, M., Park, K. (eds.): Proceedings of the 14th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms AWOCA'03, Seoul National University, Seoul, Korea, 2003, pp. 36-45.
2002
Holub, J.: Dynamic Programming - NFA Simulation. Proceedings of the 7th Conference on Implementation and Application of Automata, University of Tours, Tours, France, July 2002, LNCS2608, Springer-Verlag, pp. 295-300.
Holub, J.: Dynamic Programming for Reduced NFAs for Approximate String and Sequence Matching. Kybernetika, Vol. 38(1), 2002, pp. 81-90.
Holub, J., Crochemore, M.: On the Implementation of Compact DAWG's. Proceedings of the 7th Conference on Implementation and Application of Automata, University of Tours, Tours, France, July 2002, LNCS2608, Springer-Verlag, 2003, pp. 289-294.
2001
Holub, J.: Bit Parallelism - NFA Simulation. Proceedings of the 6th Conference on Implementation and Application of Automata, University of Pretoria, Pretoria, South Africa, July 2001, LNCS2494, Springer-Verlag, 2002, pp. 149-160.
Holub, J., Iliopoulos, C.S., Melichar, B., Mouchard, L.: Distributed String Matching using Finite Automata. In Raman, R., Simpson, J., (eds.) Proceedings of the Tenth Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms AWOCA'99, Curtin University of Technology, Perth, Australia, 1999, pp. 114-128.
Melichar, B., Holub, J.: Algorithms for Pattern Matching. In Sborník z Letní školy Informační systémy a jejich aplikace 1999, Ruprechtov, Czech Republic, September 1999, pp. 69-78.
1998
Holub, J.: Simulation of Nondeterministic Finite Automata in Approximate String and Sequence Matching. Research Report DC-98-04, Czech Technical University in Prague, Prague, April 1998, 28 pages.
Holub, J.: Dynamic Programming for Reduced NFAs for Approximate String and Sequence Matching. Proceedings of the Prague Stringology Club Workshop '98, Czech Technical University in Prague, Prague, September 1998, pp. 73-82.
Holub, J., Melichar, B.: Approximate String Matching Using Factor Automata. In Costas S. Iliopoulos (ed.): Proceedings of Ninth Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms AWOCA'98, Curtin University of Technology, Perth, West Australia, July 1998, pp. 28-39.
Holub, J., Melichar, B.: Implementation of Nondeterministic Finite Automata for Approximate Pattern Matching. In Proceedings of Third International Workshop on Implementing Automata WIA'98, University of Rouen, France, September 1998, LNCS1660, Springer-Verlag, Berlin, pp. 92-99.
Melichar, B., Holub, J.: Pattern Matching and Finite Automata. In Sborník z Letní školy Informační systémy a jejich aplikace 1998, Ruprechtov, Czech Republic, September 1998, pp. 154-183.
Katedra teoretické informatiky